890cc CP3 4-тактний 3-циліндровий двигун з рідинним охолодженням
R9 оснащено відзначеним нагородами трициліндровим двигуном Yamaha CP3 DOHC об’ємом 890 куб. см із рідинним охолодженням, з чотирма клапанами на циліндр і системою впорскування пального. Діаметр циліндра й хід поршня 78 мм х 62 мм та коефіцієнт стиснення 11,5: забезпечують як відмінний крутний момент, так і достатню потужність, що в поєднанні з тонким контролем, який стає можливим завдяки дросельній заслінці Yamaha з електронним керуванням (Yamaha Chip Controlled Throttle, YCCT), дає змогу досягати оптимальних робочих характеристик як на трасі, так і на дорозі.